首先，一些国度如果对于经济的宏观调控能力较弱的话，实施自由贸易，在一定程度上令他们自有的经济权利丧失。因为在自由贸易实践背景下，各种经济资本相较于之前在流通上更加方便快捷，因此这时候经济流通速度也会出现飞速提升，这在一定程度上会打乱一个国度原有的宏观经济调控节奏，使得经济结构和资本的调整出现一定程度的混乱，对于原有的经济权利的取得会造成不同程度的损害。因此这也是一个国度在实施自由贸易时，必须要做好的一个心理准备。
其次，需要为了积极推动本国产业格局调整而支付大量的成本投资费用。在自由贸易的影响下，一个国度自由的产业结构弊端会逐渐凸显出来，进而对于整个国度的贸易发展产生不小的阻碍性影响，要想更好地发展下去，更好的参与到国际市场贸易竞争中来，这时候必须要积极适应自由贸易所带来的各种市场环境因素的改变，所以原有的各种弊端日益增强的产业格局必须进行有效调整。但是长期形成的产业格局并非一朝一夕就能轻易更改的，要想加速产业格局的积极调整与提升，势必要加入政府的从物质资本上的投入支持影响，而这亦是一个不小的费用消耗。
比较后面，对于一些行业造成很大的不良打击。在自由贸易中，意味着更多的外国商品涌入本国市场中来，有时候相同的价格下，人们却往往喜欢购买高质量的那个商品，而我国在市场贸易中，高端产品和高技术含量的产品由于在起步发展上较晚，所以与发达国度相比，并不具有竞争优势，在自由贸易背景下，显然会受到不小的打击，从而影响其深入发展。